Supporting information
Preliminary data resources
Knowledge networks and models
- BLEKER, Carissa, RAMŠAK, Živa, BITTNER, Andras, PODPEČAN, Vid, ZAGORŠČAK, Maja, WURZINGER, Bernhard, BAEBLER, Špela, PETEK, Marko, KRIŽNIK, Maja, VAN DIEREN, Annelotte, GRUBER, Juliane, AFJEHI-SADAT, Leila, WECKWERTH, Wolfram, ŽUPANIČ, Anže, TEIGE, Markus, VOTHKNECHT, Ute C., GRUDEN, Kristina, et al. Stress knowledge map : a knowledge graph resource for systems biology analysis of plant stress responses. Plant communications. 10 Jun. 2024, iss. 6, [art. no.] 100920, str. 1-15, ilustr. ISSN 2590-3462. https://doi.org/10.1016/j.xplc.2024.100920, https://skm.nib.si, DiRROS – Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije, dCOBISS, DOI: 10.1016/j.xplc.2024.100920. [COBISS.SI-ID 198383363]
- SKM – Welcome
- NIB-SI/skm-translate: Translation pipeline from SKM to crop and crop wild relatives
- NIB-SI/skm-pss-adapters: Export adapters from PSS neo4j db to other formats
- NIB-SI/skm-tools: Scripts and utilities for leveraging SKM resources
- ZRIMEC, Jan, CORREO, Sandra, ZAGORŠČAK, Maja, PETEK, Marko, BLEKER, Carissa, STARE, Katja, SCHUY, Christian, SONNEWALD, Sophia, GRUDEN, Kristina, NIKOLOSKI, Zoran. Evaluating plant growth–defense trade-offs by modelingthe interaction between primary and secondary metabolism. Proceedings of the National Academy of Sciences of the United States of America. [Online ed.]. Aug. 2025, vol. 122, no. 32, [article no.] e2502160122, str. 1-11, ilustr. ISSN 1091-6490. https://www.pnas.org/doi/10.1073/pnas.2502160122, DiRROS – Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije, dCOBISS, DOI: 10.1073/pnas.2502160122. [COBISS.SI-ID 246042883]
- NIB-SI/Potato-GEM: Potato GEM
Multi-omics data analysis, integration, and visualisation protocol
Pilot study
- ZAGORŠČAK, Maja, ABDELHAKIM, Lamis, RODRIGUEZ-GRANADOS, Natalia Yaneth, BLEKER, Carissa, BLEJEC, Andrej, ZRIMEC, Jan, BAEBLER, Špela, ŽUPANIČ, Anže, POMPE NOVAK, Maruša, GRUDEN, Kristina, et al. Integration of multi-omics data and deep phenotyping provides insights into responses to single and combined abiotic stress in potato. Plant physiology. [Online ed.]. 2025, vol. 197, iss. 4, [article no.] kiaf126, str. 1-42, ilustr. ISSN 1532-2548. https://academic.oup.com/plphys/advance-article/doi/10.1093/plphys/kiaf126/8104150?login=false, DiRROS – Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije, dCOBISS, dCOBISS, DOI: 10.1093/plphys/kiaf126. [COBISS.SI-ID 231332611]
- NIB-SI/multiOmics-integration: Potato ‘omics data analysis pipelines
Plant bioinformatics tools
- ZAGORŠČAK, Maja, BLEKER, Carissa, RODRIGUES, Hugo, BARROS, Pedro Miguel, LARMANDE, Pierre, LE FLOCH, Erwan, AREND, Daniel, HASSANI-PAK, Keywan, BAEBLER, Špela, GRUDEN, Kristina, et al. Increasing Plant data findability and reuse beyond ELIXIR. F1000Research. 2025, [29] str., ilustr. ISSN 2046-1402. https://f1000research.com/slides/14-71, DOI: 10.7490/f1000research.1120082.1. [COBISS.SI-ID 262835715], [SNIP]
Selected preprints related to ongoing research activities
Data-driven integration
- Potato yield can be predicted by using drone-captured and environmental measurements early in the growing season
Angelika Vižintin, Maja Zagorščak, Eva Turk, Maja Križnik, Marko Petek, Katja Stare, Bernhard Wurzinger, Maroof Ahmed Shaikh, Guus Heselmans, Josef Söllinger, Pieter-Jelte Lindenbergh, Robert Graveland, Stan Oome, Salome Prat, Christian Bachem, Markus Teige, Bianca Doevendans, Alexandra Ribarits, Jan Zrimec, Kristina Gruden
bioRxiv 2026.03.09.709817; doi: https://doi.org/10.64898/2026.03.09.709817
Knowledge-driven integration
- An ERF transcription factor PTI5, a novel regulator of endophyte community maintenance in potato
Tjaša Lukan, Barbara Kraigher, Karmen Pogačar, Katja Stare, Teja Grubar Kovačič, Maja Zagorščak, Marko Petek, Polonca Stefanic, Anže Vozelj, Valentina Levak, Tjaša Mahkovec Povalej, Juan M. García, Maria J. Pozo, Ines Mandić-Mulec, Kristina Gruden
bioRxiv 2025.04.24.650297; doi: https://doi.org/10.1101/2025.04.24.650297
- Petek, M., & Zagorščak, M. (2025). Complete dry-lab workflow for an ERF transcription factor StPti5, a novel regulator of endophyte community maintenance in potato (1.0.0). Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.17728235
Model-based simulations and synthetic datasets
On Data Management – modelling and omics data
- BEZJAK, Sonja, GRAŠIČ, Jerneja, KOREZ, Bernarda, KVERH, Bojan, LESKOŠEK, Branimir (fotograf), ROMIH, Tea, VIPAVC BRVAR, Irena, ZAGORŠČAK, Maja, ŽUPANIČ, Anže. Priročnik o načrtovanju ravnanja z raziskovalnimi podatki. 1., spletna izd. Ljubljana: Založba Univerze, 2025. 1 spletni vir. ISBN 978-961-297-594-4. https://nrrp.odprtaznanost.si/, DOI: 10.51936/9789612975944. [COBISS.SI-ID 236649219]
projekt: C3360-23-952001 Podpora pri uvajanju načel odprte znanosti v Sloveniji [SPOZNAJ]
- BEZJAK, Sonja, ČERČE, Peter, FIDLER, Ana, KOTAR, Mojca, LEGAT, Dunja, LESKOŠEK, Branimir, PUŠNIK, Miro, ZAGORŠČAK, Maja, ŽLENDER, Nadja, ŽUPANIČ, Anže, VIPAVC BRVAR, Irena, JEMEC TOMAZIN, Mateja. Spoznaj FAIR : priročnik o odprti znanosti v Sloveniji. Brezplačna elektronska izd. Koper: Založba Univerze na Primorskem, 2024. 1 spletni vir (1 datoteka PDF (137 str.)), ilustr. ISBN 978-961-293-328-9, ISBN 978-961-293-329-6. https://www.hippocampus.si/ISBN/978-961-293-328-9.pdf, https://www.hippocampus.si/ISBN/978-961-293-329-6/index.html, Digitalna knjižnica Slovenije – dLib.si, DOI: 10.26493/978-961-293-328-9. [COBISS.SI-ID 205832195]
projekt: C3360-23-952001 Podpora pri uvajanju načel odprte znanosti v Sloveniji [SPOZNAJ]
- PETEK, Marko, ZAGORŠČAK, Maja, BLEJEC, Andrej. pISA-tree : sistem za organizacijo projektnih raziskovalnih podatkov. Ljubljana: Centralna tehniška knjižnica, 2024. 1 spletni vir (1 datoteka PDF ([27] str.). Projekt Spoznaj. DiRROS – Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije. [COBISS.SI-ID 236228099]
- ZAGORŠČAK, Maja, BLEKER, Carissa, ZRIMEC, Jan, PETEK, Marko, ŽUPANIČ, Anže. Predstavitev programskih orodij Python in R. Ljubljana: Centralna tehniška knjižnica, 2024. 1 spletni vir (1 datoteka PPT ([25] str.), 1 datoteka PDF ([25] str.)). Projekt Spoznaj. DiRROS – Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije. [COBISS.SI-ID 236226819]
- VIDAK, Marko, KVERH, Bojan, FERK, Polonca, LESKOŠEK, Branimir, ZAGORŠČAK, Maja, NOLTE, Nadja Franziska, BLEKER, Carissa, PETEK, Marko, ŽUPANIČ, Anže. Orodja za delo z delotoki. Ljubljana: Centralna tehniška knjižnica, 2024. 1 spletni vir (1 datoteka PDF ([50] str.), 1 datoteka PPT ([50] str.)). Projekt Spoznaj. https://dirros.openscience.si/IzpisGradiva.php?id=21675&lang=slv, DiRROS – Digitalni repozitorij raziskovalnih organizacij Slovenije. [COBISS.SI-ID 228635651]
- Zagorščak, M., Vucurovic, A., Bleker, C., Levak, V., & Nolte, N. (2025, November 11). SPOZNAJ – 2. usposabljanje za podatkovne strokovnjake, 2. teden – Orodja za delo z delotoki. Zenodo. https://doi.org/10.5281/zenodo.17580300
Scroll to top
